Wraz z rozwojem organizacji zmienia się nie tylko liczba tworzonych dokumentów, niemniej jednak także sposób, w jaki są one wykorzystywane. Materiały przygotowane na potrzeby jednego działu mogą po pewnym czasie stać się częścią innego procesu, przykładowo kontroli rozliczeń, obsługi reklamacji lub przygotowania umowy. Jeżeli dokumenty są przechowywane bez wspólnych zasad, odtworzenie ich historii wymaga przeszukiwania wielu folderów, skrzynek pocztowych i archiwów papierowych.
Program do zarządzania dokumentami może porządkować takie zasoby poprzez przypisywanie im określonych kategorii, oznaczeń i powiązań z konkretnymi sprawami. Przy organizacji repozytorium istotne jest jednak uwzględnienie sposobu, w jaki dokumenty są rzeczywiście wykorzystywane. Podział oparty jedynie na strukturze działów nie zawsze odpowiada przebiegowi pracy, ponieważ jedna sprawa może angażować kilka zespołów. W tak zaistniałej okoliczności przydatne staje się wyszukiwanie według różnych kryteriów, takich jak numer umowy, data, rodzaj dokumentu czy identyfikator projektu. Trzeba co więcej pamiętać, że jakość wyników zależy od poprawności wprowadzonych danych. Nawet rozbudowane funkcje wyszukiwania nie pomogą, jeżeli już dokument został przedstawiony błędnie albo nie przypisano go do właściwej sprawy.
Ważnym elementem pracy z dokumentacją jest postanowienie, kiedy plik pozostaje materiałem roboczym, a kiedy staje się dokumentem przeznaczonym do dalszego wykorzystania lub przechowywania. Różnica ta ma znaczenie między innymi przy projektach, w których powstaje sporo wersji tego samego opracowania. Wstępny szkic może zawierać sugestie, które nie powinny znaleźć się w wersji przekazanej do realizacji, a dokument zatwierdzony może wymagać zachowania bez późniejszych przemian. Kontrolowanie dokumentami i archiwizacja obejmują więc również określenie statusów, sposobu zatwierdzania treści a także zasad przechowywania wcześniejszych wersji. W praktyce warto rozstrzygnąć, czy poprawki są nanoszone wprost w pliku, czy też każda kolejna wersja jest zapisywana oddzielnie. Pierwsze rozwiązanie może utrudniać odtworzenie wcześniejszego brzmienia dokumentu, jednak drugie prowadzi do powstawania wielu kopii, jeśli nie ma jasnych reguł ich oznaczania. Znaczenie ma też ustalenie, kto może zatwierdzić przekształcenie i w jaki sposób informacja o niej trafia do pozostałych osób. Przy dokumentach związanych z rozliczeniami, zobowiązaniami albo decyzjami formalnymi brak takiej sprawdzeniu może prowadzić do korzystania z nieaktualnych danych. Sam zapis historii przemian nie zastępuje jednak procedury określającej, która wersja jest wiążąca.
Przy kształtowaniu elektronicznego archiwum powinno się uwzględnić również dokumenty, które nie powstały w postaci cyfrowej. Starsze umowy, formularze, protokoły i korespondencja mogą być dostępne tylko na papierze, dlatego ich przeniesienie do systemu wymaga przygotowania a także sprawdzeniu. Przed skanowaniem warto ustalić kolejność stron, sprawdzić kompletność załączników i oddzielić dokumenty, których nie powinno się łączyć w jeden plik. Pomyłka na tym etapie może utrudnić późniejsze odtworzenie zawartości teczki. Program do zarządzania dokumentami i cyfrowej archiwizacji może przechowywać zeskanowane materiały wraz z opisami i umożliwiać ich wyszukiwanie, jednakże skuteczność tego procesu zależy od jakości skanów oraz sposobu indeksowania. Rozpoznawanie tekstu daje możliwość przeszukiwać treść wielu dokumentów, ale nie za każdym razem poprawnie odczytuje niewyraźne fragmenty, pieczęcie czy odręczne dopiski. Dlatego w sytuacji dokumentów o istotnym znaczeniu potrzebna jest kontrola zgodności pliku z oryginałem. Powinno się też określić, czy papierowy egzemplarz będzie wciąż przechowywany i kto odpowiada za jego lokalizację. Digitalizacja nie znaczy samoczynnie, że oryginał można zrujnować. Decyzja w tej sprawie powinna uwzględniać rodzaj dokumentu, aktualne przepisy oraz przyjęte zasady postępowania z dokumentacją.
Na sposób przechowywania plików wpływoraz zmienność warunków organizacyjnych i technicznych. Zespół może przemienić strukturę, pracownik odpowiedzialny za określone sprawy może zakończyć współpracę, a wykorzystywane narzędzia mogą zostać zastąpione innymi. Archiwum powinno zatem uwzględniać sposobność przekazania odpowiedzialności bez utraty informacji o wcześniejszych działaniach. Ważne jest określenie uprawnień do odczytu, edycji, pobierania i usuwania plików, a także zasad ich udostępniania osobom spoza organizacji. W sytuacji danych osobowych i dokumentacji poufnej zakres dostępu powinien odpowiadać konkretnym obowiązkom użytkowników. Osobnym zagadnieniem pozostają okresy przechowywania. Niektóre dokumenty muszą być zachowane przez czas konkretny przepisami, inne mogą wymagać dłuższego przechowywania ze względu na trwające sprawy albo znaczny. Z tego powodu procedura archiwizacji powinna określać, kto testuje terminy i zatwierdza usunięcie materiałów. Znaczenie ma też sposób wykonywania kopii zapasowych a także sprawdzania, czy można odzyskać zapisane dane. Kopia, której nigdy nie testowano, nie daje pewności, że wszystkie pliki będzie można odtworzyć po awarii. Przy długotrwałym przechowywaniu należy przy tym kontrolować przystępność formatów i sposobność otwierania dokumentów na aktualnie używanych urządzeniach, ponieważ sama obecność pliku w archiwum nie przesądza o tym, że jego tekst pozostanie czytelna.
Zobacz również: rejestracja czasu pracy pracownika.